近年、守山市でも都市化が進み、夜でも明るい場所が増えてきたため、保護活動が進む中でもますますほたるには住みにくい環境になってきました。一方、2006(平成18)年には、それまで市の管轄だった資料館運営やホタル保護活動をNPO法人びわこ豊穣の郷が指定管理者として行うことになりました。
資料館は、NPO法人びわこ豊穣の郷との連携のもと、ホタルの人工飼育や飛翔調査をすすめ、環境学習や保護活動を通じての啓発事業を積極的に行い、環境にやさしいイベント「守山ほたる パーク&ウォーク」や、さまざまなほたる事業を通じて、水辺の環境づくりと地域連携の強化さらに学校連携による環境教育への貢献もめざしています。守山市民のホタル保護を中心としたまちづくりの第1歩をすすめています。